研究院以“政产学研”融合发展为有效途径，以航空宇航工程为鲜明特色，依托南京航空航天大学航空宇航和力学国家重点学科优势和南京空港经济开发区航空产业区域优势，发展成为集高科技产品技术研发、高层次人才培养、高水平成果转化、高技术企业孵化为一体的具有国际先进水平的航空宇航工程创新中心。

研究院的业务范围包括航空宇航及相关技术和产品的创新、研究与开发，科技成果转化，技术咨询、技术培训与技术服务，科技企业培育与孵化等。

研究院实行理事会领导下的院长负责制。采用“一院三制”管理模式：“研究院制”、“企业制”和“学院制”管理，创新体制机制、创新运行模式。“研究院制”管理是研究院的人才培养、技术研发、成果转化和项目拓展；“企业制”管理是为园区的技术产业化公司提供人事、财务、营销、后勤等管理与服务，促进产业公司专注研发；“学院制”管理是开展研究生教育、实验室或工程中心等管理与服务。

研究院主要架构包含管理与服务机构、研发机构、孵化机构，设立综合部、人力部、财务部、规划拓展部和研发部。

研究院主要研发方向为智能无人机及相关核心技术，无人直升机及相关核心技术，全电直升机及相关核心技术，全电飞机及相关核心技术，飞行汽车及相关核心技术等。